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不同倍性水稻miRNAs及其靶基因的鉴定与表达分析
中文名称: 不同倍性水稻miRNAs及其靶基因的鉴定与表达分析
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论文编号: 4143152收藏本论文】【我的收藏】【我要投稿
英文名称: The Identification and Expression Dynamics of Target Genes Cleaved by Novel miRNAs among Rice Lines of Different Ploidy Levels
学位类型: 博士毕业论文
作者: 涉及隐私,隐去***  作者本人请参看权力声明>>
导师: 涉及隐私,隐去***
毕业学校: 涉及隐私,隐去***
专业: 生物化学与分子生物学
毕业年份: 涉及隐私,隐去***
关键字: miRNAs 靶基因 不同倍性水稻系列 定量PCR 5'-RACE DNA甲基化
简介目录: 点击此处 免费索取本论文简介和目录>>
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论文摘要: 水稻是最重要的粮食作物之一,在禾本科作物分化前发生过一次全基因组倍增.基因组倍增可产生大量的基因家族,是生物进化的重要(略)或复制事件在拟南芥、水稻等植物若干miRNAs家族的分化和进化过程中扮演了重要角色(略)s是长约21-24 nt的小RNA分子,通过介导目标基因的降解或翻译抑制产生转录后水平上的基因沉默.目前我们对水稻基因组倍增过程中miRNAs对靶基因的调控机制的了解还不清楚,本研究以同一双胚苗来源的单倍体(1N)、二倍体(2N)和三倍体(3N)同源(略)为材料,采用Solexa高通量测序、RT-PCR、5'-RACE、实时定量RT-PCR、转基因等方法,挖掘倍性水(略)RNAs,研究不同倍性水平下miRNAs表达的时空性,分析miRNAs介导miRISC对靶基因的剪切方式,旨在初步探索不同倍性水稻miRNAs的功能,为揭示水稻多倍化过程中miRNAs分子进化及表观遗传调控机理提(略)获得结果如下: 1.构建单倍体、二倍体及三倍体小RNA库,并进行Solexa深度测序,获得了倍性水稻系列的小RNA信息.在1N、2N、3N水稻中分别得到≥18 nt的小RNA uniq...
Rice is one of the most important food crops. Whole genome(omitted)on occurred before gramineous specification. Genome duplication plays an important role in evolu(omitted)lting in the formation of gene families. It also plays an important ro(omitted)erentiation and evolution of miRNAs (microRNAs) fa(omitted)RNAs are 21~24 nt short regulatory RNA molecules and mediate post-transcriptional gene silencing (PTGS) by miRNA-induced silencing complex (miRISC). However, little is known about ho(omitted)egulat...
目录:
摘要第7-10页
ABSTRACT第10-12页
第1章 文献综述第13-30页
  ·miRNAs的发现第13-14页
  ·miRNAs的特点第14-15页
  ·植物miRNAs合成与作用机制第15-17页
  ·miRNAs的研究方法第17-22页
    ·miRNAs的克隆与鉴定第17-19页
    ·miRNAs的功能研究方法第19-22页
  ·miRNAs在植物中的调控作用第22-25页
    ·miRNAs调控植物生长发育与形态建成第22-24页
    ·miRNAs调控植物对环境的适应性第24-25页
    ·miRNAs在植物特异信号传递中的作用第25页
  ·miRNAs与甲基化第25-26页
  ·miRNAs与植物的进化第26-28页
  ·本研究的意义及立项依据第28-30页
第2章 小RNA的高通量测序及生物信息学分析第30-44页
  ·材料与方法第30-33页
    ·倍性水稻材料鉴定及遗传背景分析第30-31页
    ·小RNA高通量测序第31-32页
    ·候选miRNAs的预测第32页
    ·miRNAs靶基因的预测第32-33页
  ·结果与分析第33-42页
    ·材料的倍性鉴定及遗传背景分析第33-34页
    ·总RNA的提取及Solexa高通量测序第34页
    ·小RNA高通量测序数据基本生物信息学分析第34-37页
    ·新的miRNAs的预测第37-40页
    ·候选miRNAs靶基因的预测第40-42页
  ·讨论第42页
  ·结论第42-44页
第3章 miRNAs及其靶基因的鉴定与表达分析第44-66页
  ·材料与方法第44-52页
    ·候选miRNAs的验证第44-47页
    ·miRNAs靶基因的研究第47-52页
  ·结果与分析第52-62页
    ·候选miRNAs的验证第52-53页
    ·miRNAs的表达量检测第53-57页
    ·miRNAs介导的靶基因裂解位点分析第57-60页
    ·miRNAs与对应靶基因定量表达的相关性分析第60-62页
  ·讨论第62-65页
    ·miRNAs的鉴定第62-63页
    ·miRNAs的表达第63-64页
    ·miRNAs介导靶基因切割位点多态性探讨第64-65页
  ·结论第65-66页
第4章 miRNAs过表达载体的构建及转化第66-77页
  ·材料与方法第66-71页
    ·miRNAs过表达载体的构建第66-68页
    ·水稻转基因操作第68-71页
  ·结果与分析第71-76页
    ·miRNA前体及侧翼序列的获得第71-74页
    ·miRNAs过表达载体的构建及确认第74-75页
    ·农杆菌介导pHB载体的转化第75-76页
  ·讨论第76页
  ·结论第76-77页
第5章 甲基化差异位点分离及其与miRNAs相关性探讨第77-88页
  ·材料和方法第77-78页
    ·材料第77页
    ·方法第77-78页
  ·结果与分析第78-84页
    ·单倍体与其对应二倍体、恢复系杂交后代植株的获得与倍性鉴定第78-79页
    ·单倍体相关甲基化差异位点分析第79-84页
  ·讨论第84-87页
    ·DNA甲基化与miRNAs的相关性第84-85页
    ·DNA甲基化与杂种优势第85-86页
    ·DNA甲基化差异片段功能探讨第86-87页
  ·结论第87-88页
本研究的创新点及后续研究设想第88-89页
参考文献第89-98页
致谢第98-99页
附录第99-105页
攻读学位期间发表的学术论文第105页
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