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文昌鱼假定蛋白功能注释及数据库构建
中文名称: 文昌鱼假定蛋白功能注释及数据库构建
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论文编号: 4142388收藏本论文】【我的收藏】【我要投稿
英文名称: Functional Annotation and Database Construction of Amphioxus Hypothetical Proteins
学位类型: 硕士毕业论文
作者: 涉及隐私,隐去***  作者本人请参看权力声明>>
导师: 涉及隐私,隐去***
毕业学校: 涉及隐私,隐去***
专业: 生物物理
毕业年份: 涉及隐私,隐去***
关键字: 文昌鱼 蛋白质结构预测 蛋白质功能预测 蛋白复合体 结构比对
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论文摘要: 文昌鱼是现存的最接近脊椎动物的无脊椎动物,是研究动物进化和胚胎发育(略).目前,世界各国科学家针对文昌鱼基因进行了大量的研究,2008年美国佛罗里达文昌鱼基因组测序的完成,为文昌鱼的研究奠定了坚实的基础.文昌鱼在分子生物学方面的(略),为研究脊椎动物的起源和进化提供越来越多的证据.但是美国佛罗里达文昌鱼数据库中仍有相当一部分基因的功能是未知的.针对上述问题,我们对美国佛罗里达文昌鱼数据库的11930条“假定蛋白”进行结构和功能注释,并且构建了文昌鱼蛋白注释数据库AmphioxusAnnoBase. AmphioxusAnnoBase数据库具有以下特点:⒈通过(略)SSER系列算法对文昌鱼(略)”进行了结构预测,预测得到4176个三级结构.⒉基于FINDSITE算法,依据预测的三级结构对“假定蛋白”进行了功能预测,共得到2797个有GO注释的“假定蛋白”;预测出3439个“假定蛋白的配体及其相应的绑定位点,并且基于EFICAz2算法从蛋白序列(略)的假定蛋白进行酶功能预测,推测出206个“假定蛋白”可能是酶,其中的28个结果可靠性较高.⒊通过与Yeast等模式生物...
Amphioxus is a kind of living invertebrate which is most relative to (omitted)rates, and it is the living fossil used in the study of animal (omitted)and embryonic development. A large(omitted) amphioxus genes are studied in the laborato(omitted)d the world. In 2008, the accomplishment of amphioxus genome sequencing in Florida laid a solid foundation for the future resear(omitted)ioxus. More and more evidences for the origin and evolution of vertebrates were provided because of the growing research inf...
目录:
摘要第3-4页
Abstract第4-5页
缩略词索引第6-7页
目录第7-9页
第1章 引言第9-19页
  ·文昌鱼概述第9-12页
    ·文昌鱼的发现及由来第9-10页
    ·文昌鱼的形态及分布第10页
    ·文昌鱼的进化地位第10-11页
    ·文昌鱼基因组学研究现状分析第11-12页
  ·蛋白质结构预测研究概述第12-16页
    ·蛋白质结构分类数据库第12-13页
    ·蛋白质三级结构预测研究第13-15页
    ·结构预测结果的评价方法第15-16页
  ·蛋白质功能预测研究概述第16页
  ·研究目的和技术路线第16-19页
第2章 文昌鱼假定蛋白结构和功能预测第19-29页
  ·数据来源第20-21页
  ·蛋白质三级结构预测第21-24页
    ·TASSER算法第21-22页
    ·metaTASSER算法第22页
    ·TASSER-Lite算法第22-23页
    ·结果与讨论第23-24页
  ·蛋白质功能预测第24-27页
    ·FINDSITE算法第24-25页
    ·EFICAz2算法第25-26页
    ·结果与讨论第26-27页
  ·小结第27-29页
第3章 文昌鱼蛋白复合体预测第29-33页
  ·引言第29页
  ·数据来源与方法第29-30页
    ·数据搜索第29-30页
    ·数据处理方法第30页
  ·结果与分析第30-31页
  ·小结第31-33页
第4章 文昌鱼蛋白功能数据库的构建第33-45页
  ·构建数据库用到的计算机技术第33-36页
    ·数据库运作模式及基本框架第33页
    ·数据库平台及应用的软件第33-36页
  ·数据库的构建过程第36页
  ·小结第36-45页
第5章 总结与展望第45-47页
  ·总结第45页
  ·展望第45-47页
参考文献第47-53页
附录第53-54页
硕士期间发表文章第54-55页
致谢第55页
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